另外，旁支游戏宝可梦巡护员与《宝可梦》系列游戏也有着十分密切的关系，根据玛纳霏的蛋的w任务的关系可以看出与《宝可梦》系列游戏的关系约为巡护员→钻石珍珠白金，而光的轨迹中的过去世界则在所有《宝可梦》系列游戏之前。巡护员系列本身的故事线约为巡护员→风涌篇→光的轨迹。
旁支游戏宝可梦＋信长的野望中曾提到过“据说在遥远的地方有人把宝可梦装在球里携带”，此处球可以指为现代精灵球出现前的球果球，由此可推测乱世地区的剧情发生在心金魂银剧情前400~700年前。
欧米伽红宝石阿尔法蓝宝石的episodeΔ中，希嘉娜明确提出了多重宇宙论的概念，意味着红宝石蓝宝石绿宝石和欧米伽红宝石阿尔法蓝宝石并非普通的平行世界这么简单。
并且《宝可梦》系列游戏的初始版本及资料片会出现大致流程相同但重要事件不同、地点不同、宝可梦分布不同的情况，因此红/绿/蓝/皮卡丘、金/银/水晶版、红宝石/蓝宝石/绿宝石、钻石/珍珠/白金、黑/白、黑2/白2、x/y、欧米伽红宝石/阿尔法蓝宝石、太阳/月亮/究极之日/究极之月，这些游戏之间的关系则像在同一时刻发生的类似但具体内容不同的事件，也可以以不同世界观解释。
而由于episodeΔ提出的平行世界以是否有超级进化作为分割标准，所以可以将所有平行世界分为超级进化宇宙与非超级进化宇宙两类。某些重大事件在非超级进化宇宙和超级进化宇宙中都会发生，例如火箭队企图占领关都地区和超古代宝可梦在丰缘地区觉醒的事件。
约800年前，在临死之际，哲尔尼亚斯释放x/伊裴尔塔尔吸取y了卡洛斯地区的生命能量，之后在森林x/山脉y陷入沉睡。
约700年前，铃铛塔和钟之塔在缘朱市落成，洛奇亚和凤王栖息到塔顶。
约700年前，制作精灵球的工匠把球果挖空放入特殊的捕获宝可梦的网子来制作精灵球。
约500年前，第一只花岩怪被封印在灵魂之塔。
约500年前，湛蓝市药房开业。
约500年前，玛机雅娜被杰出的天才科学家艾利法斯制造出，并被献给国王的女儿。
约400年前，位于乱世地区初始之国的首领武将与伊布，以带着捷克罗姆的魔王信长为目标进行旅行。
约400年前，桧皮镇遭遇长时间日照，呆呆兽的哈欠带来大量降水，成为那里的象征。
约400年前，一名忍者发明了剧毒。
约400年前，小炭仔在煤矿坑中被人们发现。
约300年前，巴尔法姆香殿建成。
约200年前，在洪水肆虐之后建起了村庄桥。
约200年前，一个大富翁买下了自由庭院岛，并把比克提尼饲养在灯塔的地下室里。
凤王卫队出现在了烧焦后的钟之塔内
约150年前，钟之塔被雷击燃起大火，烧死了其中的三只宝可梦。洛奇亚飞去漩涡岛，凤王让这被烧死的三只宝可梦复活，然后飞走去寻找拥有纯洁之心的训练家。
约150年前，第一场宝可梦联盟大赛举行。
约100年前，七宝市的仓库建成；电石洞穴开始出现齿轮儿；石丸子从地裂的断层中被发现。
西元1925年，现代精灵球在玉虹大学被西野森博士发明出来。
约50年前，在沙漠深处第一次发现小灰怪。
约40年前，在陨石坑附近第一次发现月石。
西元1969年，第一名人类登月。
在丰缘地区的事件发生前数十年，大紫堇控股公司因新紫堇项目的终止而破产，海紫堇也随之关闭。
在合众地区的事件发生前20年，等离子队的老大魁奇思收养了一名婴儿与一对姐妹，并将这名婴儿与人类隔离抚养。
在神奥地区的事件发生前的某一时刻，冥王发现了寄宿在电器内的洛托姆。
实际上官方至今仍未公开表示多重宇宙的世界观设定。
宝可梦世界文字体系产生这一重大历史（设定为1500年前），和一些远比其更古老的古代事件之间出现了先后的逻辑问题。
由于在第三世代之前，宝可梦的世界观基于了部分现实世界的事件，而在之后的设定中，这些事件被设定为在宝可梦世界中发生的，与现实世界相似的事件。
梦幻据说拥有包含究极异兽在内一切宝可梦的基因，很多学者认为它是宝可梦的始祖，官方至今仍未公开梦幻出现的年代
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