追夺多尔衮的封爵，撤去其庙享，并没收其财产。同时，对多尔衮的党羽进行大规模清洗，罢黜了许多与多尔衮关系密切的官员，彻底铲除多尔衮的势力，以此巩固自己的皇权。
顺治帝与董鄂妃的爱情炽热，深感忧虑的孝庄太后有意增加其他妃嫔，设宴活动，特意安排顺治帝的蒙古表妹博尔济吉特氏坐在顺治帝身旁，试图唤起顺治帝对蒙古后妃的关注。
顺治帝欲封董鄂妃为皇贵妃，孝庄太后指出董鄂妃入宫时间短且无突出功绩，不宜过快晋升，使得这次晋封历经波折，比原计划推迟数月。
孝庄太后故意挑董鄂妃端茶姿势不对、说话声音毛病，暗示董鄂妃不可恃宠而骄。此外还与索尼等忠臣老臣交流，让他们适时劝谏顺治帝以朝政为重，不可过度沉溺于儿女私情。
董鄂妃死后一年，顺治帝就颓废一年，后来得了天花，孝庄太后展现出了非凡的决断和智慧，坚持立顺治帝的第三子玄烨，孝庄太后紧急召来德国传教士汤若望。汤若望以玄烨得过天花有免疫力且从大清国稳定传承考虑，劝顺治帝立玄烨为皇储，最终顺治帝同意了。
孝庄太后一方面临朝摄政，处理紧急政务，维持朝廷基本运转，还积极与重要大臣沟通协调，以稳定朝廷局势，为玄烨顺利继位创造条件。
孝庄太后还处死了顺治帝宠爱的太监吴良辅，认为吴良辅没有把顺治帝教好，且变易祖宗制度、纳贿交结外官等，孝庄太后出于对儿子的爱以及清朝政治体制等考虑将其杀掉。
顺治帝在位十八年后崩逝，年仅二十四岁。孝庄太后又辅佐年仅8岁的玄烨登上帝位，即康熙帝。
她让侍女苏麻喇姑帮助康熙帝学习蒙文，夯实其文化功底。康熙朝初期，索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜四大辅政大臣掌权。
康熙八岁丧父，十岁丧母，自幼在孝庄太后的照顾下成长，孝庄不仅弥补了他心灵上的空缺，还在他的成长过程中给予了诸多教导和培养。
她严格要求康熙的饮食起居、言行举止，注重培养其品行和志趣，使康熙自幼便对读书学习产生浓厚兴趣，并养成严谨治学的态度。
在康熙亲政前，面对辅臣之间的矛盾和斗争，尤其是鳌拜的专权，孝庄太后以其丰富的政治经验和智慧，鼎力相助，扶持康熙最终除掉鳌拜，夺回政治大权。
此后，康熙在平定三藩之乱、收复台湾、驱逐沙俄侵略者等方面取得了卓越成就，他每每谈及这些功劳时，都会想起祖母的抚育和悉心教诲。
索尼在皇太极时期就已崭露头角，因忠诚和睿智受到重用。多尔衮摄政期间，索尼遭到谭泰、巩阿岱等人弹劾，被废黜所有爵位与职务，发配到盛京去看守昭陵。
在多尔衮摄政的七年时间里，索尼至少有五次暗中为皇室谋划的举动。孝庄太后深知索尼的忠诚，也会暗中派人送去慰问和鼓励索尼。
鳌拜在多尔衮摄政前以勇猛善战着称，为清朝立下不少战功。尽管这样也三次遭到多尔衮的打压。两次被判死罪，革职、降爵更是频繁发生。
鳌拜参与重要军事行动有八次其勇气和忠诚。孝庄太后看在眼里。孝庄太后秘密召见鳌拜，给予他精神上的支持和一些战略建议。
遏必隆出身贵族在多尔衮摄政期间，遏必隆相对较为中立。不明显支持也不公开反对。
遏必隆这种模棱两可的态度，孝庄太后采取恩威并施的策略。给予他一定的地位和荣誉，也对他进行敲打，提醒他不要过分依附多尔衮。
苏克萨哈在多尔衮摄政前作为正白旗骨干之臣，得到多尔衮重用。孝庄太后对苏克萨哈则是既利用又防范。通过苏克萨哈传递一些信息给多尔衮一方，对他的监视和考察多。
孝庄太后对索尼，她既看到其忠诚可靠，也明白联姻等方式能更好地巩固关系，将其视为可依靠的力量，在关键时刻共同为稳定朝局努力。
对苏克萨哈，虽未直接给予过多支持，但也利用其与鳌拜的矛盾，达到一定的平衡目的。
对遏必隆，她理解其软弱性格，以恩威并施的方式引导他为皇室利益考虑，建立一种特殊的合作关系。
而对鳌拜，她始终保持警惕，暗中布局，等待时机成熟一举铲除其势力。
康熙二十六年（1687年）孝庄太后病重，康熙昼夜守候在旁，还亲自到天坛祷告上苍，祈求以自己的寿命来延长祖母的寿命。
康熙对孝庄极为孝顺，在外他是威严的皇帝，但在祖母面前永远是孝顺乖巧的孙子。孝庄太后病重，亲自为祖母调药饵。孝庄太后崩逝后，康熙帝悲痛万分，水米不进，茶饭无心，痛哭不止，至于昏迷，还在慈宁宫结庐而居，为祖母守孝。
孝庄一生全力辅佐与支持孙儿康熙，将他培养成千古一帝；康熙对于孝庄太后也始终怀着深深的敬爱与感激之情，他们的祖孙情在帝王家显得平凡而又格外打动人心。
同年十二月二十五日，孝庄太后崩逝于紫禁城慈宁宫东南围房，享年七十五岁。
孝庄太后临终前留下遗言，要求不要将她与皇太极合葬，而是在顺治帝的孝陵附近择地安葬，体现了她对儿孙的眷恋之情，也符合她“不忍远去”的心志。使得她在去世后也能与顺治帝在地理位置上较为接近，继续守护着自己的子孙后代。
由于这一要求与清朝的礼制有所不同，且康熙对祖母十分敬重，不愿违背她的遗愿。37年一直停放在暂安奉殿。
孝庄太后去世后，康熙二十七年起至康熙六十一年，这34年里，康熙每年至少有一次前往暂安奉殿探望孝庄。对祖母充满尊敬与眷恋，常去祭拜以寄哀思。
直到雍正三年（1725年）才葬入昭西陵地宫。距离孝庄去世已37年，雍正才将孝庄太后葬入昭西陵地宫。一种说法是恰逢孝庄太后与皇太极大婚百年纪念，雍正认为暂安奉殿所在地风水极佳，于是将此地的暂安奉殿重新修缮为昭西陵，让孝庄太后得以入土为安。