在1851年，咸丰皇帝特意发布了一道命令，让大家都知道：允许朝廷里的九卿科道以及各个省的督抚等官员推荐有才能的人。通过这样的方式，让各地有本事的人都能够得到任用。
后来，众多有识之士得以被任用。曾国藩便是其中的突出代表，他组建湘军，在镇压太平天国运动中发挥了至关重要的作用。
胡林翼也在此时崭露头角，凭借卓越的军事和政治才能稳定湖北等地局势。此外，还有吴棠被王茂荫举荐后，在地方任职中表现出色。
曾望颜担任陕西巡抚、署四川总督等职务；傅寿彤历任河南南阳知府、河南南汝光兵备道等职位。这些被任用的人才在晚清的动荡局势中，各自发挥着重要作用，为维护清朝统治贡献着自己的力量。
面临太平天国起义爆发后八旗军惨败、清廷面临统治危机的局面，在肃顺的建议下，咸丰帝任用曾国藩、李鸿章等汉族官僚。这些汉族官僚在后来镇压太平天国等运动中起到了重要作用，也成为清朝的中兴名臣。
在肃顺等人的辅助下，咸丰帝对败坏的吏治进行改革，将穆彰阿革职，永不叙用；耆英降为五品顶戴以六部员外郎回家候补。
1851年，洪秀全领导的太平天国运动爆发，起义军迅速发展壮大，席卷大半个中国。清政府调集大量军队进行镇压，但由于清军战斗力低下，屡屡失利，在蓑衣渡之战、湖口之战等战役中，清军遭受重创。
战争的巨大消耗使得清政府财政入不敷出。为了筹集军费，清政府不得不增加赋税、发行纸币等，但这些措施又进一步加重了百姓的负担，激化了社会矛盾。
太平天国运动引发了地方势力的崛起。一些地方官员和士绅为了抵御太平军，自行组织团练，曾国藩的湘军、李鸿章的淮军等。
这些地方武装在一定程度上削弱了中央政府的权威。为了解决财政危机，咸丰帝批准通行官票、印制钱票，以纸代银、钱；还批准铸造当一、当五、当十的铁大钱，甚至批准铸造铅钱。但这些措施引起了金融市场的极大混乱，严重破坏了社会经济。
负责琦善军营粮饷的帮办江北军务刑部侍郎雷以诚，在扬州创办厘金，以济军需。咸丰帝根据其建议，在江苏省筹办厘金，并下令用兵各省推行，厘金制度的实行，为清政府筹措了大量的军费。
1856年至1860年，第二次鸦片战争爆发，英法联军侵华。战争的起因主要是西方列强为了进一步打开中国市场，扩大在华利益。
战争期间，英法联军先后攻占广州、天津、北京等重要城市。1860年，英法联军火烧圆明园，给中国的文化遗产带来了巨大的破坏。
清政府在军事上再次暴露出落后的一面。咸丰帝选择逃往热河避暑山庄，丢下北京城和众多将士。僧格林沁等将领依然坚守阵地，为保卫国家和民族的尊严而战。
八里桥之战，僧格林沁率领的蒙古骑兵等清军部队进行了顽强抵抗，展现出非凡勇气和顽强战斗精神。他们面对英法联军先进武器装备和战术，毫不畏惧，冲锋陷阵。但由于双方在军事技术、战术等方面存在巨大差距，最终清军惨败。据统计，清军约有3000人阵亡，而英法联军方面，法军死亡3人，受伤17人；英军死亡2人，受伤29人。
如此悬殊的数据，深刻地反映出清政府的腐败和落后。八里桥之战的失败直接导致北京城的防守处于真空状态，英法联军得以长驱直入，随后火烧圆明园。
由于清政府的腐败和落后，这些措施未能从根本上解决问题。英法舰队攻陷大沽炮台，进迫天津，咸丰帝派桂良、花沙纳往天津议和，签订了《天津条约》。
咸丰十年（1860年），英法联军再次组成侵华联军，进攻北京，咸丰帝逃往热河，命恭亲王奕欣留京议和。最终签订了《北京条约》，并在《中俄北京条约》中承认了《瑷珲条约》。
咸丰皇帝共有子女三人，长女荣安固伦公主，长子爱新觉罗·载淳，即同治皇帝，次子悯郡王，出生当日就夭折了。
咸丰十一年，咸丰皇帝病死于避暑山庄烟波致爽殿。由其唯一存活的儿子爱新觉罗·载淳继承皇位，即同治皇帝，年仅六岁，命八位顾命大臣辅政，并授予慈安太后“御赏”印章，由慈禧代管太子“同道堂”印章。这一安排为后来的辛酉政变埋下了伏笔。