不知不觉时间已经来到的99年，这一届的拳皇格斗大赛是这由s公司举办的。
S全称是·SoUNd（音巢）。S组织最初是个从事和平事业的贸易组织，是以s本人的名字命名的。他本人是个和平主义者。但他后来被自己的独生儿子伊格尼斯所杀，伊格尼斯把s彻底变成了一个庞大的军事组织，将S彻底变成一个实现自己野心的工具。
S拥有世界一流的科学技术，特别是在“生命体实验”上有着非常高的造诣，各种克隆草薙京的出现就是最好的证明。在S禁断的克隆技术下，制造出很多的人伦惨剧。
伊格尼斯为了为了实现自己成为‘神’的梦想，制定了“蔚蓝之神计划”——杀掉KoF冠军，然后君临天下。并且策划了一连串的恐怖袭击事件，不过都以失败而告终。最后他本人也在与K对决中陨落。
S组织相比大蛇一族和遥彼一族最大的不同是，它有着庞大的体系和鲜明的阶级，成员数量也是三个组织最多的。
而S组织以草薙京的血所克隆的第一个实验体就是有着一头白发的K。
K初登场的时候和草薙京一样，只有16、7岁，但K的傲慢和叛逆，则更胜一筹。如果说草薙京只是懒散和没有斗志的话，K就是一个十足的问题少年。
而这样一个问题少年，作为拳皇s篇的男主角，步入了我们的视线。
S组织剧情发生在KoF97最终之战的两年后，当年拯救世界的英雄草薙京也整整失踪了两年了。而这个时候，各大格斗家又收到了一封神秘的邀请函，参加KoF99格斗大会。为了寻找草薙京的下落，红丸与矢吹真吾也允诺参加大会，并合K'以及马克西姆一队。
K和马克西姆对红丸二人隐藏了自己的身份，其实两人是世界最大的组织s的手下，拥有火焰力量的K更是s杀手中的佼佼者。
在格斗大会的过程中，很多疑点也开始暴露出来。以海顿将军为首的国际佣兵组织发现了大量私人部队在全世界范围集结。
而令人无比惊讶的是，这些私人部队竟然全都是草薙京!
最终，K一行人来到了决赛的地下比武场，见到了这一次拳皇大赛的主办人：古力查里度。
他话不多说就和冠军队(也就是主角队)开始了战斗，而被击败后，他嘲笑了红丸等人的愚蠢，原来他穿的战斗服是用来收集最强的KoF获胜队的数据的,这些数据将被传送到全世界的克隆人草薙京身上，已完成对他们强化的最后一环。而这些s的克隆人部队将进攻世界各大要点并让整个世界陷入混乱，达到s统治世界的目的。在自认为万无一失之后，他烧掉了战斗服，告诉K，自己是组织s的干部，K不过是自己的克隆人罢了，而他现在要来除掉这个碍眼的克隆人了，然而讽刺的是古利查力度才是K的克隆人。