……朕爰在弱龄，早敦姻戚，绸缪眷遇，多历年所。……徽音日远，宜崇礼命，式表哀荣。可赠司徒、使持节都督并、汾、箕、岚四州诸军事，给班剑四十人，及羽葆鼓吹，赙绢布二千段，米粟二千石。陪葬昭陵，令摄鸿胪卿监护。”
李世民要前往申国公府哭丧，褚遂良、马周等重臣认为圣上生病刚好，不宜去哭丧，怕影响他身体健康，都执意劝谏阻止。
李世民声泪俱下地说：
“高申公（高士廉）与朕不仅仅是君臣关系，还是姻亲关系，怎么能够听到他的噩耗不前往哭丧呢？卿等都不要再说了！”
于是，李世民执意率人从兴安门出发，前往国公府哭丧。长孙无忌正在高士廉灵堂，听到圣上将要到府门，他立刻停止哭丧，拦在李世民的御马前劝谏道：
“圣上正在吃药，药方上说是不得哭丧的，圣上为何不为宗庙社稷和天下百姓着想，善自保重自己的龙体呢？况且臣的舅父临死时有遗言,不愿因自己的死，而让圣上屈驾前来。”
李世民不听从，执意要进府哭丧。长孙无忌伏卧在道路的中间，流着眼泪再三苦苦劝谏，李世民才返回皇城，他仍不甘心，每日站在皇城的城楼上，望着南面的高士廉府邸方向痛哭流涕、泪如雨下。
高士廉与世长辞后，举国同悲。长安城百官、百姓及外国朝贡使者，都沉痛哀悼这位功勋卓着、亲民勤政的好宰相，纷纷前往申国公府拜祭。在申国公府的灵堂前，只见高府上下男子身穿白布衣，被发徒跣；妇女身穿青缣衣，去掉首饰。长孙无忌与高士廉的长子高履行一起跪在灵柩前，悲痛不已。其他兄弟、袁天纲及高淑行都跪在他们身后，也在不断地哭泣。
灵柩前挂着九尺长的明旌，灵柩前韬杠上写着：“司徒封之柩”。高士廉遗体已经装入棺椁。在棺椁旁放置有八个篚，里面分别盛着两碗黍、稷、粱、稻。
前来吊唁的人络绎不绝，都上前接过一束香，点燃后，向灵柩前深鞠三次躬，将香插入供案前的香炉里，长孙无忌、高履行率领兄弟妹妹都向客人磕头还礼。
出葬日，李世民诏命文武百官集体去参加送葬。当輴车将要出府时，祝帅在輴车前摆放食馔进行祖奠，并跪在布輴车前高呼：“永迁之礼，灵辰不留，谨奉旋车，式遵祖道，尚飨。”
祖奠仪式完毕，盛有灵柩的輴车离开申国公府，缓缓地向昭陵方向驶去，当輴车走到横桥时，李世民早早地登到皇城的城楼上,望着灵柩失声恸哭，望着远去的輴车仍然依依不舍，直到远去。
高士廉的丧礼结束后很长一段日子，李世民仍然怀念他，并对身边的重臣说：
“高士廉为人涉猎古今，学识渊博，做人光明磊落，临难不改气节，当官从不结党营私。他的缺点就是为人有些圆滑，从不犯上谏言。
他品德高尚，声名显赫，堪称一代贤臣。他在当宰相期间，功勋卓着，权高位重，但为人廉洁奉公、勤勤恳恳、谦虚谨慎、低调做人，鞠躬尽瘁，死而后已，堪称大唐官员队伍的典范，应号召大唐官员们都向他学习。”