回到行宫后，皇上立即召见了河道总督、河道官员等人，询问开溜河套的依据为何，张鹏翮按照此前的奏折对答如流，被皇上拆穿后，言语支吾。
最终承认，溜淮套的工程，乃是降调通判徐光启提出，已经迁任刑部尚书的，前两江总督阿山，和漕运总督桑额同意的。
张鹏翮和阿山之间的矛盾形同水火，发现溜淮套工程有问题后，张鹏翮没有据实上奏，而是恭请皇上亲自前来巡视，皇上闻言当即训斥，张鹏翮此举实际上是为了推卸责任，欺上瞒下。
“朕沿途阅看，见所立标竿错杂，问尔时全然不知，问河官亦皆不知，河工系尔专责、此事不留心，何事方留心乎？”
还道张鹏翮你身为总河，已经到了要掘人骸骨的地步，作为一个读书人却干下如此残忍之事，读圣贤书又是为了什么？
将张鹏翮削去官职和太子太保爵位，出于治河大局的需要，和张鹏翮治河确实有功考虑，张鹏翮得以留任，继续治河。
皇上从御前发回旨意，询问阿山何所见亦奏此河当开，着问阿山回奏。
四爷表情冷厉的看着公文，皇阿玛圣明，看穿其中的不妥，如果稍有疏忽，准了此工程，几百万两银子从国库搬出去，最终还不知会落到谁手中。
张鹏翮也不知是不是年纪大了，这几年行事有些昏聩。
四十二年（1703年）十月，张鹏翮命令河员开常平仓二十八万石粮食分散赈灾，并上疏请奏补发山东治河官员的工资。
此举受到皇上的训斥，指责他置赈灾大局和国家财政困难于不顾，收买人心、邀功请赏，并让他和王国昌二人将动用的粮谷“均摊赔补”。
张鹏翮上书认错，皇上原谅于他，还称赞他认真办事，廉洁奉公并且加太子太保衔。
四十四年初，淮安道王谦弹劾山安同知佟世禄，冒领治河工程款耽误了治理黄河的进度，张鹏翮下令将佟世禄撤职并且追讨贪污款项。
佟世禄进京告御状，经查明，佟世禄贪污一事为子虚乌有，皇上命令徐潮详细调查此事，发现此事是王谦诬陷佟世禄，而张鹏翮听信一面之词处理了佟世禄。
大臣纷纷要求惩办张鹏翮，皇上信任张鹏翮的人品和能力，宽恕了他。
而后南巡时，发现黄河水倒灌，张鹏翮谎称并未倒灌，被皇上斥责有巧饰用词，推卸责任，怠忽玩工之嫌，告诫他治河工事不是能一蹴而就的，一两年后才方见成效，还是尽力完善为好。
五月，工部侍郎赵世芳上奏折，议张鹏翮奏销钱粮浮冒13万余两，应交刑部治罪。
供应治河人员的钱粮原本是不限数的，洪水凶猛的时候需要的就多，水位稳定的时候所需就少。
皇上因对张鹏翮的清廉较为了解，十分宽宥，认为张鹏翮私吞的事必定不存在，是治河人员仗张鹏翮的势才有这样的说法。
皇上虽然相信张鹏翮的清廉，但是，对于对张鹏翮举荐、任用王谦、张弼等人十分不满。
训斥他之所以被王谦那种小人所欺骗，是因为他用人听事过于刻薄，也流于表面，往往他人一有做错事的口实就加以追责，也因此冤枉佟世禄那样的好人。
今年又出了溜淮套的事情，还能留任，也是皇恩浩荡。