李世民东征高丽归来，身体病重起来，无法正常上朝，于是下诏命太子李治监国，军国大事委托李治处理。此后，李治隔日听政，朝会结束后，就去凤鸣宫看望圣上，这样他就可以经常见到日思慕想的武媚娘。
太子监国后，太子太师长孙无忌、太子太傅房玄龄、太子太保萧瑀、太子詹事李积、太子左庶子于志宁、太子右庶子张行成、太子中允马周、黄门侍郎褚遂良、太子少詹事袁天纲等人俨然形成一个宰相班子，提前进入太子接班准备。风欲静而树不止，表面平静的朝堂下暗流涌动，宰相班子内党争也加剧起来，尤其是萧瑀与房玄龄之间为争夺首辅之位，党争愈演愈烈。
在一日朝堂上，太子太保萧瑀首先向太子太傅房玄龄发难，他向李世民举报：
“房玄龄与朝中的众大臣结成朋党，执掌权柄，党同伐异，不忠于君主，圣上还不知详情，只是尚未谋反罢了。”
李世民说：
“你说得太过分了！朕选用贤才，把他们当作股肱心腹之人，应当推诚置腹地信任他们，不是求全责备，而是舍其所短，用其所长。朕虽然不够聪明，但也不至于糊涂到好坏不分这个地步吧!”
萧瑀看到没有扳倒房玄龄，内心非常不安，又多次死咬着房玄龄告状。李世民看在当年玄武门之变前，萧瑀曾暗中帮助过自己，不忍心直接将其免职。
一日，李世民故意对萧瑀说：
“你既然信佛，怎么不出家呢？”
萧瑀明白，圣上是在隐喻自己辞职，而不想落下罢免老臣的名声，因此主动请求出家。
李世民故作姿态地说：“朕知道你信佛，早就想出家，现在朕也不好违背你的意志。”于是就同意萧瑀申请致仕。
没过一夜，萧瑀又反悔了，他对李世民说：
“臣昨夜回家思考，又不想出家了。”
李世民认为萧瑀出尔反尔，不由地恼怒起来，直接下手书诏令数落萧瑀的罪过：
“朕从内心上不太相信佛教，学佛之人，也没有真正验证到学佛是否能带来福祉？反而痴迷学佛之人，遭受国家灭亡。例如南朝梁武帝一生痴迷信佛，倾尽国家府库的钱财来供给僧众，遍布修筑佛塔、寺庙，晚年还是发生侯景之乱而饿死在皇宫里，江山社稷顷刻间化为废墟！宋国公、太子太保萧瑀重蹈覆辙、痴迷佛教，因袭亡国遗风，而抛弃国家公义，不能分辨善恶邪正，煽动世俗浮华的风气。自己请求出家，不久又出尔反尔，反复无常。在这朝堂之上，如此有违国家栋梁重臣的体面，已不适合位居宰相，朕一直容忍萧瑀到今日，他仍不知悔改，当免掉太子太保的职位，保留宋国公的爵位，贬为商州刺史。”